Η ιστορία της Μονής της Παναγίας Κοσμοσώτειρας της Βυζαντινής κωμοπόλεως Βήρας, οπότε και της σημερινής πόλεως των Φερών, αρχίζει όταν το έκτο παιδί και τριτότοκος γιος του Αλεξίου Α' Κομνηνού και της Ειρήνης Δούκαινας, πορφυρογέννητος Ισαάκιος Κομνηνός, σε ηλικία 59 ετών, ήρθε "περί τα χείλη του ποταμού, Έβρου και σε τόπο έρημο "ανθρώπων και οικημάτων καθίδρυσε "το της Κοσμοσώτηρας της Θεομήτορος Φροντιστήριον, ανδρών μοναζόντων".

Ήταν το έτος 6660 από κτίσεως κόσμου κατά την 15η Ινδικτιώνα , δηλαδή από 1η Σεπτεμβρίου 1151 μέχρι 31 Αυγούστου 1152 μ.Χ. Ο πορφυρογέννητος Ισαάκιος Κομνηνός γεννήθηκε το 1093 μ.Χ. από τον πατέρα του Αλέξιο έλαβε το τίτλο του "καίσαρα". Ο Ισαάκιος υπήρξε χωρίς αμφιβολία μια από τις πιο ενδιαφέρουσες και πολύπλευρες προσωπικότητες της οικογένειας των Κομνηνών. Επιδέξιος στρατηγός αλλά και άνθρωπος των γραμμάτων και της τέχνης ασχολήθηκε εντατικά με την ποίηση, την θεολογία, την φιλοσοφία, αλλά και με μακρόπνοα εκκλησιαστικά και κοινωφελή έργα. Έτσι ο Θεόδωρος Πρόδρομος τον αποκαλεί ανάμεσα σε άλλα , ικανό "….και στρατηγείν άμα και επιστατείν ποιήμασι και φιλοσοφείν".

Μετά το θάνατο του πατέρα του, το 1118, σε διαμάχη που ξέσπασε ανάμεσα στην πρωτότοκη , γνωστή ιστοριογράφο , Άννα και τον πρωτότοκο Ιωάννη, ο Ισαάκιος τάχθηκε με το μέρος του αδερφού του. Γι αυτό ο Ιωάννης μετά την απαγόρευσή του, το προήγαγε σε "σεβαστοκράτορα". Η συνεργασία και η αγάπη των δύο αδερφών δεν κράτησε πολύ. Το 1123 και πριν ακόμη από το θάνατο της μητέρας του Ειρήνης, ο Ισαάκιος, σε ηλικία 30 ετών , άνδρας ψηλός , μεγαλοπρεπής και τολμηρός καθώς ήταν "ερωτευμένος με την Βασιλεία και τον έτρωγε η επιθυμία να περιβληθεί το στέμμα"

Οργάνωσε συνομωσία ενάντια στον αδερφό του ο οποίος έλλειπε σε εκστρατεία κατά των Τούρκων και απέβλεπε την κατάληψη του θρόνου. Η συνομωσία αποκαλύφθηκε, ο Ιωάννης II αναβάλλοντας τις επιχειρήσεις επέστρεψε , ενώ ο Ισαυ Ιωάννη II στην Μιάκιος για να μην συλληφθεί, διέφυγε. Τα επόμενα 15 χρόνια τα πέρασε πλάνητας στην Ανατολή, ανάμεσα στον εμίρη της Καππαδοκίας, στο Δούκα της Τραπεζούντας, στο Σουλτάνο του Ικονίου, στο πρίγκιπα τις αρμένικης Κιλικίας , και στο λατίνο βασιλεία της Ιερουσαλήμ, προσπαθώντας με την βοήθεια όλων αυτών να ανατρέψει τον αδελφό του Ιωάννη και να περιβληθεί ο ήλιος την πορφύρα. Μόνο μετά τις σημαντικές νίκες τοκρά Ασία το 1138, απογοητευμένος από τις άκαρπες προσπάθειες του, ζήτησε την συμφιλίωση με τον Ιωάννη και ο ανεξίκακος αδερφός του με μεγάλη ευχαρίστηση και ανοιχτόκαρδα τον δέχτηκε στην Κων/πολη μαζί με τον γιο του.

Τον επόμενο κιόλας χρόνο μπλέχτηκε πάλι σε μηχανορραφίες για την κατάρριψη του θρόνου, με αποτέλεσμα να εξοριστεί το 1140 στην Ηράκλεια του Πόντου. Μετά τον αιφνίδιο θάνατο του αδερφού του αυτοκράτορα Ιωάννη II το 1143, το θρόνο κατέλαβε ο ανιψιός του Μανουήλ I αφήνοντας για μία ακόμη φορά τις φιλοδοξίες και το όνειρα του Ισαάκιου ανεκπλήρωτα. Ο Μανουήλ συγχώρεσε το θείο του τον απάλλαξε από την εξορία και τον κράτησε κοντά του με τον ίδιο τίτλο, του σεβαστοκράτορα και μάλιστα το πήρε μαζί του στην πρώτη του εκστρατεία εναντίον των Σελτζούκων.

Κατά την διάρκεια της εκστρατείας η στάση του Ισαάκιου στον νέο αυτοκράτορα και ανιψιό του δεν ήταν ολότελα φωτισμένη. Όταν από λάθος διαδόθηκε ότι ο Μανουήλ σκοτώθηκε, ο Ισαάκιος έσπευσε να αυτοανακηρυχθεί αυτοκράτωρ. Μόνο μετά το 1150, ίσως μετά την εμφάνιση των πρώτων συμπτωμάτων κάποιας αρρώστιας του, σε ηλικία 50 ετών κόπασε αυτή η φιλαρχία του.

Το 1152 κατά το παράδειγμα των γονέων του και του αδερφού του, ο Ισαάκιος αποφασίζει να ιδρύσει ένα πρότυπο μοναστήρι. Η υγεία του είναι πια κλονισμένη, αναλογίζεται τον θάνατο που πλησιάζει, αναπολεί την ζωή του και την πολιτική του δράση συνυφασμένη με συνεχείς συνομωσίες και παράνομες πράξεις και αποφασίζει να ανάπτυξη τις πνευματικές του δραστηριότητες και να μεριμνήσει για την σωτηρία της ψυχής του.